Estos bachilleratos forman parte orgánica de las universidades y están sujetos  a su normatividad. Las universidades autónomas tienen la facultad de autogobernarse, mientras que las estatales dependen de las autoridades educativas de la entidad federativa a la que pertenecen. En México las condiciones de los bachilleratos de las universidades son muy diversas pues cada una de ellas tiene normatividad, recursos, capacidad y trayectoria propias. Hay una gran variedad de planteamientos curriculares, que dan lugar a planes y programas de estudio distintos.

   Los bachilleratos privados, si están incorporados a alguna universidad, son también de tipo universitario. Los bachilleratos universitarios son de diferentes tamaños: en algunas universidades representan una proporción muy grande de la matrícula total de la institución; algunas universidades sólo «incorporan» bachilleratos particulares de pequeño tamaño. La diversidad curricular en este tipo de bachillerato llega a expresarse incluso en el seno de la institución universitaria, como la Universidad Nacional Autónoma de México que cuenta con la Escuela Nacional Preparatoria y con el ciclo de bachillerato del Colegio de Ciencias y Humanidades. Otra diferencia concierne a la duración de los estudios. Una pequeña porción de bachilleratos ofrece estudios a ser realizados en dos años, mientras que la mayor parte los ofrece en tres.

  Hay bachilleratos especializados y bachilleratos con tronco común y con áreas finales de especialización; algunos tienen currículos estrictamente propedéuticos y generales y otros tienen asignaturas para el trabajo. Unos organizan sus ciclos lectivos en semestres y otros en años. Algunos tienen carga horaria máxima y otros carga mínima de trabajo en aula, con descarga en tareas extraescolares y de autoaprendizaje. Los bachilleratos de las universidades autónomas predominan numéricamente sobre los de las estatales.